กระบวนการติดเชื้อนี้เกิดขึ้นภายในเซลล์ได้เดินทางจากพื้นผิวของเซลล์ ผ่านเอ็นโดโซม เอ็นโดพลาสมิกเรติคูลัม และจากนั้นไปยังไซโตซอลที่แยกชิ้นส่วนบางส่วนออก การศึกษาล่าสุดชี้ให้เห็นถึงขั้นตอนสุดท้ายและสำคัญที่สุดสำหรับการติดเชื้อ การเข้าสู่นิวเคลียส ไวรัสเองนั้นใหญ่กว่าพอร์ทัลที่ใช้เพื่อเข้าสู่นิวเคลียสของเซลล์ซึ่งเรียกว่าคอมเพล็กซ์รูพรุนนิวเคลียร์

คอมเพล็กซ์รูพรุนของนิวเคลียสเป็นพอร์ตหลักในเยื่อหุ้มของนิวเคลียส ควบคุมการขนส่งโปรตีน RNA และการขนส่งเซลล์อื่นๆ จากนิวเคลียสไปยังไซโตพลาสซึมของเซลล์และกลับมาอีกครั้ง ไวรัสจำนวนมากใช้ประโยชน์จากทางเดินนี้เพื่อแอบเข้าไปในนิวเคลียส ผลการศึกษาใหม่พบว่า SV40 ใช้คอมเพล็กซ์รูพรุนนิวเคลียร์และคอมเพล็กซ์โปรตีนอื่นที่เรียกว่า LINC ซึ่งเชื่อมต่อเยื่อหุ้มชั้นในและชั้นนอกของนิวเคลียส ขั้นแรกให้แยกชิ้นส่วนตัวเองออกเป็นแพ็คเกจขนาดเล็กที่ประกอบด้วยโปรตีน 2 ชนิดและจีโนมของไวรัส SV40 แตกต่างจากไวรัสอื่นๆ ที่จับได้จากการฉายภาพเหมือนนิ้วที่ยื่นออกมาจากรูพรุนนิวเคลียร์ SV40 จะโต้ตอบกับ LINC ก่อนเข้าสู่ไวรัส ความแตกต่างของเทคนิคนี้อาจรองรับความสามารถของ SV40 ในการก่อให้เกิดมะเร็งได้ Spriggs กล่าว การวิจัยเพิ่มเติมเกี่ยวกับวิธีที่ SV40 ใช้ประโยชน์จาก LINC และคอมเพล็กซ์รูพรุนของนิวเคลียสสามารถช่วยให้นักวิทยาศาสตร์เข้าใจว่าคอมเพล็กซ์เมมเบรนของเซลล์ที่สำคัญทั้งสองมีปฏิสัมพันธ์กันอย่างไร ซึ่งจนถึงตอนนี้ค่อนข้างลึกลับ